医院设有呼吸与危重症医学科、免疫内科、血液内科、内分泌/代谢病科、心血管内科、神经内科、消化内科、肿瘤内科、肾脏内科、肿瘤外科、骨科、普通外科、心胸外科、神经外科、泌尿外科、妇产科、儿科、眼科、皮肤科、中医科、口腔科、耳鼻喉科、康复医学科、重症医学科、疼痛门诊、静脉治疗专科门诊、伤口造口门诊、急诊科、超声医学科、CT/MRI室、放射治疗科、放射科、核医学科、供应室、中心实验室、体检中心、病理科、麻醉科等临床科室和医技科室。
福建省临床重点专科：免疫内科、皮肤科、超声医学科。
一、优势病种：成人郎格罕氏组织细胞增生症、DPB、气管内结节性脂膜炎、肺内异位绒毛膜癌、肺内子宫内膜异位症、肺泡蛋白沉着症、发作性睡病、系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、血液肿瘤、微小残留白血病、淋巴瘤、糖尿病、甲状腺疾病、代谢性骨病、肥胖症、脑血管病、头痛、眩晕、癫痫、痴呆、心肌病、食管癌、贲门癌、胃癌、结/直肠癌、肺癌、乳腺癌、扁桃体癌、喉癌、下咽癌、面瘫、乳腺增生经前疼痛、产后乳汁不通、乳痛、乳汁少、痛经、月经失调、痤疮、湿疹、单纯性肥胖、失眠、甲亢凸眼、霰粒肿、麦粒肿、小儿发育迟缓、遗尿、股骨头坏死、髋关节炎、膝关节炎、四肢骨折。
二、优势技术：透支气管壁针吸活检术、气道内支架放置及取出术、支气管热成形术、呼吸道支架置入术、放射粒子植入术、血细胞单采术、冠脉造影术、经皮冠状动脉介入治疗（PCI）加支架植入术、房颤患者左心耳封堵术、先天性心脏病介入封堵术、动脉导管未闭封堵术、颈部血管支架置入术、动脉瘤栓塞术、血液灌流、血浆置换、免疫吸附、腹腔镜下胃癌和结直肠癌根治手术、腔镜下甲状腺手术、胸腔镜下食管手术、岩斜坡区肿瘤切除术、脊髓空洞症手术、CO2激光辅助下喉肿瘤微创手术、上颌骨全切除术、腭裂修复术、针灸、穴位放血、穴位敷贴、刮痧、拔罐、冬病夏治三伏灸、微创人工髋关节置换、微创人工膝关节置换、骨性关节炎的清理术、关节软骨移植手术、关节滑膜病变手术。
